Viện Công nghệ Sinh học và Công nghệ Thực phẩm gồm 05 bộ môn và 02 trung tâm nghiên cứu:

-        Bộ môn Vi sinh-Hóa sinh-Sinh học phân tử

-        Bộ môn Công nghệ sinh học

-        Bộ môn Công nghệ thực phẩm

-        Bộ môn Quản lý chất lượng

-        Bộ môn Quá trình và thiết bị CNSH-CNTP

-        Trung tâm Nghiên cứu và phát triển công nghệ sinh học

-        Trung tâm Đào tạo và phát triển sản phẩm thực phẩm

Đến nay, đội ngũ giảng viên và cán bộ của Viện Công nghệ Sinh học và Công nghệ Thực phẩm có trên 90% giảng viên là Tiến sĩ và trên 40% giảng viên có học hàm Giáo sư và Phó giáo sư. Phần lớn các giảng viên được đào tạo bài bản tại nhiều nước có nền khoa học công nghệ phát triển trên thế giới, có trình độ chuyên môn cao và là các chuyên gia đầu ngành .

Cơ sở vật chất của Viện Công nghệ Sinh học và Công nghệ Thực phẩm hiện nay được phát triển hiện đại bao gồm trên 2,300 m2 diện tích sử dụng cho các hoạt động nghiên cứu và phát triển (7 phòng thí nghiệm và 3 xưởng thực nghiệm) với tổng kinh phí đầu tư cho thiết bị khoảng 5 triệu USD:

-        Phòng thí nghiệm Kỹ thuật di truyền,

-        Phòng thí nghiệm Proteomics,

-        Phòng thí nghiệm Lên men,

-        Phòng thí nghiệm Công nghệ thực phẩm,

-        Phòng thí nghiệm Phân tích chất lượng thực phẩm,

-        Phòng thí nghiệm Phân tích cảm quan,

-        Phòng thí nghiệm Quá trình và Thiết bị sinh học - thực phẩm,

-        Xưởng thực nghiệm Chế biến rau quả,

-        Xưởng thực nghiệm Chế biến sữa và các sản phẩm từ sữa,

-        Xưởng thực nghiệm Lên men và Thu hồi sản phẩm.

Các phòng thí nghiệm và xưởng thực nghiệm cho phép thực hiện đào tạo gắn liền với nghiên cứu khoa học, nghiên cứu phát triển các giải pháp kỹ thuật và phát triển sản phẩm cũng như thử nghiệm các công nghệ mới ở quy mô pilot.